D'ailleurs, pour ses accomplissements, M. Chagnon a reçu un grand nombre de prix et récompenses. Il a notamment été nommé Officier de l'Ordre du Canada et de l'Ordre national du Québec.
Également, la Fédération de l'informatique du Québec l'a nommé Grand bâtisseur québécois des technologies de l'information et des communications en 2003. En 2009, il a été intégré au Temple de la renommée des télécommunications.